1. Tämä sivusto käyttää evästeitä. Jatkamalla tämän sivustoa käyttöä, hyväksyt evästeidemme käytön. Lue lisää.

Mikä on RNA World

Viestiketju osiossa 'RNA World (täyteprojekti)' , aloittaja toomas, 4.1.2016.

  1. toomas

    toomas Site admin Ylläpitäjä

    Viestejä:
    157
    Saadut tykkäykset:
    16
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    RNA World on saksalaisen Rechenkraft.net:n tutkimusprojekti. Rechenkraft.net kertoo olevansa maailman ensimmäinen ja suurin non-profit-organisaatio joka on omistautunut hajautetulle laskennalle.

    RNA on lyhenne sanoista Ribonucleic acid, suomeksi ribonukleiinihappo. RNA on kemialliselta rakenteeltaan paljon DNA:ta muistuttava molekyyli, jonka biologinen rooli on oleellinen mm. geenien toiminnan kannalta. RNA toimii mm. "viestinviejänä", jonka avulla geenistä luettu tieto ohjaa proteiinien valmistusta solun koneistossa.

    RNA World -projekti on BOINC-alustalla toimiva hajautettu supertietokone, joka käyttää projektiin osallistuvien koneiden laskentavoimaa RNA-tutkimukseen. RNA World -projektin tavoitteena on tunnistaa, rakenteellisesti määrittää ja suunnitella RNA-molekyylejä. Tällä hetkellä RNA World ajaa hajautetussa projektiympäristössä täysin automatisoitua analyysiohjelmaa, joka on versio Infernal:ista. Tämä ohjelmisto on alun perin kehitetty Sean Eddyn laboratoriossa ja sen tarkoituksena on systemaattisesti identifioida ei-koodaavia RNA-molekyylejä.

    RNA Worldin tämän aliprojektin tavoitteena on järjestelmällisesti tunnistaa kaikki RNA-perheen molekyylit kaikissa tunnetuissa organismeissa ja tuoda tulokset yleisesti hyödynnettäviksi mm. tietokannoissa kuten Rfam.

    RNA World on Rechenkraft.net e. V.:n kehittämä ja se toimii täysin vapaaehtoisvoimin. Yhteistyökumppaneita ovat lukuisten BOINC-laskijoiden lisäksi Philipps-University of Marburg (Saksa) ja Indian Institute of Science, (Bangalore, Intia).
     
    Viimeksi muokattu: 4.1.2016
  2. toomas

    toomas Site admin Ylläpitäjä

    Viestejä:
    157
    Saadut tykkäykset:
    16
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    Mainio video aiheesta, mikä on RNA:


    Ja toinen video proteiinisynteesistä:
     
    Viimeksi muokattu: 4.1.2016
  3. toomas

    toomas Site admin Ylläpitäjä

    Viestejä:
    157
    Saadut tykkäykset:
    16
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    RNA World on ajatukseltaan hyvä ja tarpeellinen projekti, mutta viime syksystä saakka se näyttää junnanneen paikoillaan ja laskentapakettien saatavuus on ollut heikko. Kuvassa tilanne viimesten 60 vrk ajalta (päivittyvä kuva):
    [​IMG]
     
  4. Puuha

    Puuha Member

    Viestejä:
    141
    Saadut tykkäykset:
    12
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    Projekti vaatii uusimman saatavilla olevan VirtualBoxin. Osallistuaksesi voi ladata VirtualBoxin http://boinc.berkeley.edu/download.php sivuilta uusimmat versiot "Lataa BOINC+VirtualBox" linkistä. Boincin päicitys tapahtuu asentamalla vain uudelleen ja BOINC jatkaa siitä mihin on jäänyt ennen päivittämistä projektien laskentaa.

    Sekä BIOS-asetuksista pitää mahdollistaa virtuaalisointi valmiudet muutoin laskettavat paketit antavat erroria.

    Projektilla on suurehkoja ongelmia datan-siirtomaksujen kanssa minkä vuoksi paketteja on jaossa varsin vähän.
     
    Viimeksi muokattu: 28.1.2016
  5. toomas

    toomas Site admin Ylläpitäjä

    Viestejä:
    157
    Saadut tykkäykset:
    16
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    Hyvin harmillista, että typerä datakatto :wacky: on tuollakin ongelmana.
     
  6. Puuha

    Puuha Member

    Viestejä:
    141
    Saadut tykkäykset:
    12
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    Niin no, projektien datan-siirtokustannukset ovat aika isoja. Puhutaan tuhansista euroista vuodessa kun maksavat siirron mukaan kaikesta liikenteestä mikä projektin serveriltä lähtee ja tulee. Osallistujalle tämä siirto ei juuri näy laskentapakettien koon olleessa muutamasta sadasta kilotavusta aina muutamaan kymmeneen megaan. RNA:n pakettien koosta ei ole kyllä minkäänlaista tietoa minulla mutta jos osallistujia on 1000 ja jokainen keskimäärin vuorokaudessa lataa 2 projektia jonka koko on vaikka megan tulee siitä vuorokaudessa edestakaista liikennettä n. 4 gigaa yhteensä siis perinteisiä cd-levyihin verrattuna tarvitaan 5,5 levyä tai vastaavasti vuorokauden siirto mahtuisi yhdelle DVD-levylle. Samanlaisiin siirtomäärin pääsee lataamalla Iltalehden tai Iltasanomien etusivun n. 2500 kertaa vuorokaudessa.

    Siirtomäärät ovat siis varsin käsittämättömiä vuodessa. Silti on se on huomattavasti edullisempaa kuin hankkia itselle yhtä paljon laskenetakapasiteettia kuin mitä vapaaehtoiset tarjoavat. Data-siirtomaksut useasti katetaan myös näiden vapaaehtoisten lahjoituksista.
     

Jaa tämä sivu