1. Tämä sivusto käyttää evästeitä. Jatkamalla tämän sivustoa käyttöä, hyväksyt evästeidemme käytön. Lue lisää.

Mikä on GPUGRID

Viestiketju osiossa 'GPUGRID (pääprojekti)' , aloittaja toomas, 9.1.2016.

  1. toomas

    toomas Site admin Ylläpitäjä

    Viestejä:
    157
    Saadut tykkäykset:
    16
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    GPUGRID on Pompeu Fabra University:n BOINC-ohjelmistoalustalla toimiva hajautetun laskennan projekti, Se soveltaa Nvidia-näytönohjainten CUDA-rinnakkaislaskentaa molekyylibiologisiin laskentaprosesseihin.

    GPUGRID:in tutkimuskohteita ovat tällä hetkellä mm. seuraavat alueet:

    Syöpä:
    Tutkimuksella pyritään mm. selvittämään syövän kykyä vastustaa lääkehoitoa ja ratkaisuja tähän ongelmaan. Tutkimuskohteena on myös solujen häiriintynyt viestintä syövän yhteydessä.

    HIV/AIDS:
    Tutkitaan proteaasi-entsyymien käyttäytymistä ja siihen liittyvää muna-vai-kana-ensin -tyyppistä ongelmaa. Estämällä proteaasin toiminta voidaan myös HI-virusta estää kypsymästä. Tässä oleellista on saada mallintamalla selville proteaasin rakenne ja toiminta.

    Hermostolliset häiriöt:
    Mallinnuksen avulla saatavaa tietoa lipidien, kalvojen ja entsyymien toiminnasta. Tutkimuksen alue kattaa suuren biologisten ilmiöiden spektrin, liittyen mm. muistiin, immuunivasteeseen, nälän tunteeseen ja kipuaistimuksiin.

    Menetelmät:
    Tietokonesimulaationa suoritettavaa tutkimusta, miten uusia lääkkeitä voidaan kehittää kasvattamalla ja kytkemällä yhteen pieniä molekyylifragmentteja.

    GPUGRID käyttää tutkimusmenetelmänä simulointia, jota nimitetään molekyylidynamiikaksi. Menetelmässä simuloidaan atomien ja molekyylien interaktioita fysiikan lakien mukaan kun kiinnitetään huomiota erityisesti atomien liikkeisiin. Partikkelien suuri määrä tekee mahdottomaksi tällaisten monimutkaisten systeemien määrittämisen analyyttisesti, mutta tietokonelaskentana voidaan "kokeilla" mitä oletetaan myös todellisuudessa tapahtuvan.

    [​IMG]
     
    Viimeksi muokattu: 9.1.2016
  2. toomas

    toomas Site admin Ylläpitäjä

    Viestejä:
    157
    Saadut tykkäykset:
    16
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    GPUGRID nimensä mukaisesti käyttää näytönohjaimen (GPU= Graphics Processing Unit) suurta laskentatehoa hyväkseen. GPUGRID:iin ei oikeastaan kannata liittyä, jos näytönohjain on suorituskyvyltään huono, vaikka laskenta sinänsä onnistuisikin. Kannettava tietokoneeni laskeskeli GPUGRID:in laskentapaketteja, mutta jotkin paketit olivat liian vaativia sikäli, että niiden suorittaminen kesti aivan liian kauan ja joidenkin tulosten saaminen kesti määräajan yli. Tässä tapauksessa koneen teho menee aivan hukkaan, koska samalla muita paketteja jää laskematta näihin epäonnistuviin kulitetun tehon vuoksi.

    GPUGRID on sinulle oikea projekti, jos koneessasi (/koneissasi) on vaikkapa jokin tehokas Nvidia GTX-sarjan näytönohjain. GPUGRID on vakaasti etenevä projekti ja pääsääntöisesti laskentapaketteja on oikein hyvin saatavilla lähes aina. Oheisessa päivittyvässä kuvassa viimeisten 60 vrk:n aktiivisuus:
    [​IMG]
     
  3. Puuha

    Puuha Member

    Viestejä:
    141
    Saadut tykkäykset:
    12
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    Haasteen alkaminen ei juuri näy Suomen tilastoissa pistemäärän nousemisena 2015 maalliskuusta lähtien. Johtuen pitkälti siitä että harvemmalla on tarvittavan tehokasta näytönohjainta.

    [​IMG]
     
  4. Old man

    Old man Member

    Viestejä:
    33
    Saadut tykkäykset:
    8
    Aktiivisuuspisteet:
    8
    Onko joku laskenut tätä projektia viime päivinä? Jos on, onko paketteja tullut normaaliin tapaan? Yritin eilen ja sivusto ilmoitti että työpaketteja ei ole saatavilla.
     
  5. Puuha

    Puuha Member

    Viestejä:
    141
    Saadut tykkäykset:
    12
    Aktiivisuuspisteet:
    18
    Taitaa näissäkin projekteissa kesälomat maailmalla vaivata. Ei ole tutkijoita luomassa uutta laskettavaa. Uskoisin tilanteen paranevan kun syksy saa.
     
  6. jiipee

    jiipee New Member

    Viestejä:
    11
    Saadut tykkäykset:
    2
    Aktiivisuuspisteet:
    3
    Tuntuu hiljenevän tänäkin kesänä, vaikka on tässä ollut ajoittain hiljaisia hetkiä muinakin vuodenaikoina.
     
  7. jiipee

    jiipee New Member

    Viestejä:
    11
    Saadut tykkäykset:
    2
    Aktiivisuuspisteet:
    3
    Jaa, taisikin olla tietoteknisiä ongemia tällä kertaa. Nyt näyttää taas serveri jakaneen tehtäviä maailmalle.

     

Jaa tämä sivu